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采用卧式Sa菌锅，每次使用前必须向卧式Sa菌锅内加水，加入量以达到水位标记为度。切忌空烧或加水不足导致中途烧干而引起爆炸事故。
放入卧式Sa菌锅内灭菌的培养基、物料等，排放时需留有缝隙，使蒸汽畅通。如果叠放得过于紧密，将阻碍蒸汽穿透，造成物料内外温度不均匀，形成“si角”，致使灭菌不彻底。
加热灭菌时，先打开排气阀，使卧式Sa菌锅内冷空气排出，当水沸腾时，大量蒸汽从排气阀中冲出，冷空气被排尽，即可关闭排气阀。若Sa菌锅内冷空气未排尽，则它受热后很快膨胀，压力上升，使压力与温度形成差异，这时虽然压力达到，而温度达不到规定的要求，产生压力虽高而实际灭菌温度低的假压现象，致使灭菌不彻底。排除冷空气也可采用集中排气法，即当压力达到0.049兆帕时打开排气阀排气，压力降到零再关闭排气阀升压灭菌。后一种方法只适合器皿、刀具、棉织物、口罩等，而料瓶、料袋，特别是液体培养基等不宜采用。因为容易造成袋膜胀破、瓶塞脱落、液体沸腾外溢。
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